Чтобы повторить сказанное Кевином, в веб-сервисах .net, если у вас есть байтовый массив, по умолчанию он отправляется в виде строки в кодировке base64. Вы также можете заранее указать кодировку байтового массива.
Очевидно, что, как только он попадет на сервер (или клиент), вам нужно вручную декодировать строку обратно в байтовый массив, поскольку, к сожалению, для вас это не делается автоматически.