Я бы сделал это с помощью скрипта devsetup.php и поместил бы его в корень вашей папки magento,
<?php
require_once 'app/Mage.php';
umask(0);
Mage::app('default');
$config = new Mage_Core_Model_Config();
$options = array(
'design/theme/template' => 'custom',
'design/theme/skin' => 'custom',
'design/theme/layout' => 'custom',
'log/dev/active' => '1'
);
foreach($options as $key => $value){
$config->saveConfig($key,$value,"default",0);
}
?>
Стоит сказать, что это полностью не проверено, но теория обоснована;)