Можно ли изменить стадию настольного приложения Air 2.5 с обычного на прозрачное во время выполнения?
Нет, вы можете определить его только один раз для каждого окна (в дескрипторе xml для основного окна и в качестве параметров инициализации для новых окон, которые вы создаете).