Вы можете использовать свойство css z-index для управления порядком стека элементов.
Также взгляните на плагин JQuery jqModal . Вот несколько примеров . В частности, посмотрите на раздел Modal, Nested Modal.
со своего сайта:
jqModal - это плагин для jQuery, помогающий отображать уведомления, диалоги,
и модальные окна в веб-браузере. Это гибкий и крошечный, сродни
«Швейцарский армейский нож» и делает отличную базу в качестве общего назначения
оконные рамки.
Другой плагин JQuery, который может вас заинтересовать (если вы сами создаете модальные диалоги), это плагин BlockUI .