Я думаю, что в этом случае PDE (среда разработки плагинов) отсутствует, Window Maker, вероятно, зависит от этого в части SWT / JFace.
Вы можете попробовать добавить полный пакет PDE непосредственно с сайта программного обеспечения eclipse. В Eclipse перейдите по ссылке:
Справка - Установка нового программного обеспечения - Работа с: http://download.eclipse.org/releases/helios
После длительного обновления в списке должен появиться узел «общего назначения». После расширения узла вы должны увидеть «Среду разработки плагинов Eclipse». Попробуйте сначала установить это, а затем Window Maker Pro.
Кроме того, вы всегда можете использовать Yoxos - http://ondemand.yoxos.com/geteclipse/start - для полной настройки вашей установки Eclipse.