Ну, мне удалось найти проблему в выходные, но на самом деле удалось устранить только симптомы, а не причину.
Я не включал SQL в исходную проблему, потому что проблема возникала случайно, один и тот же код иногда работал, а иногда нет. Проблема выглядит так, как будто это проблема с указателем памяти. Всякий раз, когда у меня возникали проблемы, Zend Debugger говорил мне, что у меня есть объект mysqli. Я верю в это, потому что в противном случае я бы получил ошибку при попытке запустить на нем функцию подготовки. У меня есть одноэлементный объект, который действует как контейнер для моего соединения mysqli, но всякий раз, когда функция подготовки не выполнялась, === показывал, что используемое mysqli не совпадало с соединением mysqli в моем одноэлементном объекте.
В конце концов, единственная проблема Zend Framework заключается в том, что он не завершается ошибкой, если функция prepare возвращает ноль. Если вы видите эту проблему, используйте ===, чтобы убедиться, что соединение на самом деле совпадает с тем, которое вы ранее инициировали.