К сожалению, альфа-каналы не поддерживаются OpenCV. Из imread
документации:
Обратите внимание, что в текущей реализации альфа-канал, если он есть, удаляется из выходного изображения. Например, 4-канальное изображение RGBA загружается как RGB, если flags > 0
.
См. этот ТАК пост о возможном обходе использования imagemagick.
Надеюсь, что это полезно!