Да, возможно.
Предполагая, что у вас есть prototype.js включен в голову,
Вы можете добавить это в свой шаблон, где вам нужно jquery для работы:
<?=$javascript->link('jquery-1.4.4.min'); ?>
<script>
jQuery.noConflict();
jQuery(document).ready(function() {
/* do something.. */
}
</script>