Protogen включен в сборку v1 / 280, или есть отдельный инструмент VS, доступный с сайта проекта. Не существует удобного способа включить его в nuget каким-либо разумным способом (я проверил у MS people; дважды).
Как для protogen, так и для надстройки VS, функциональность не изменилась для v2, поэтому существующие двоичные файлы v1 остаются в порядке для использования с v2.
Если ProtoBufTool не работает, тогда ... я не знаю, что с этим; было ли сообщение об ошибке / предупреждение? Классическое предупреждение касается кодировки входного файла ("protoc", инструмент Google, очень суетливо относится к кодированию).