Вы можете использовать регулярные выражения в файле .htaccess, поэтому установите перенаправление 301 (постоянно перемещенное).
RedirectMatch 301 (^.*?\.|^)domain2.com(.*) $1.primarydomain.com$2
Не проверено, но должно быть в порядке.
[править] Theниже довольно бесполезен, так как ваш комментарий, но я все равно оставлю его здесь.
В качестве альтернативы, вы можете установить псевдонимы сервера в вашем конфигурационном файле Apache.Возможно, у вас есть что-то вроде этого:
ServerName primarydomain.com
DocumentRoot /var/www/html/mysite/
<Directory "/var/www/html/mysite/">
AllowOverride All
</Directory>
Измените его на:
ServerName primarydomain.com
ServerAlias domain2.com
DocumentRoot /var/www/html/mysite/
<Directory "/var/www/html/mysite/">
AllowOverride All
</Directory>