Прежде всего, в OpenCV 2.x есть ошибка, которая нарушает полноэкранный режим в Windows.
К сожалению, нет предустановленной версии OpenCV, исправляющей эту ошибку. Чтобы получить двоичные файлы с исправленной ошибкой, вы можете получить последнюю версию ствола OpenCV и собрать библиотеку самостоятельно. Если вы не хотите выполнять обновление до внешней линии, вы можете применить изменения от revision 6706 к вашей версии кодов (но единственная опция - сборка из исходных кодов).
Обратите также внимание, что OpenCV поддерживает полноэкранный режим только для Win2k или новее.
И, наконец, вы должны изменить свой код, как показано ниже:
cvNamedWindow("Name", CV_WINDOW_NORMAL);
cvSetWindowProperty("Name", CV_WND_PROP_FULLSCREEN, CV_WINDOW_FULLSCREEN);
cvShowImage("Name", your_image);