Нет, это невозможно, если сама программа не предоставляет инструментарий COM (например, Office и IE). В подавляющем большинстве программ нет инструментов. А WSH обеспечивает очень простой доступ к оболочке, и, насколько я знаю, он вообще не предоставляет доступа к области уведомлений.
Скорее всего, вам понадобится другой инструмент, который это делает. Хотя я не уверен в точной программе, я уверен, что Google может что-то дать в области «автоматизации окон».