Самое простое - удалить файл с помощью NSFileManager, например:
[[NSFileManager defaultManager] removeItemAtPath:plistPath error:NULL];
Или, если вы не хотите этого делать, предполагая, что plist является словарем, просто загрузите его изпакет приложения, а затем перезаписать тот, который содержится в ваших документах, например:
NSDictionary *originalPlist = [NSDictionary dictionaryWithContentsOfFile:bundleFile];
[originalPlist writeToFile:documentsFile atomically:YES];
, который заменит сохраненный файл на исходный файл.