Я не уверен, что правильно понял ваш вопрос. Когда вы добавляете предварительно скомпилированную библиотеку в путь сборки вашего проекта (JAR) и присоединяете источник к этому JAR, Eclipse покажет вам исходный код, когда вы нажмете на .class внутри JAR. То же самое касается отладчика, который также позволит вам шагать по строкам кода в исходном коде, если классы в JAR были скомпилированы с информацией о номере строки.
Теперь вы, похоже, хотите изменить классы внутри JAR (исходное представление - это просто наложение, которое можно даже отключить, если вы подключите другую версию исходного кода), что невозможно, потому что они заключены в двоичную форму в архиве JAR - хотя Eclipse достаточно умен, чтобы отображать их по отдельности.
Полагаю, вы ожидаете, что ваши изменения будут оперативно заменены в запущенной программе отладчиком. Это можно сделать только после перекомпиляции после того, как вы внесете изменения. Обычно Eclipse делает это автоматически при сохранении исходного файла Java. Однако, поскольку ваш исходный файл не является частью рабочей области (или внешней папки, явно объявленной как исходный код Java), он не будет выполнять эту перекомпиляцию и замену.
Я бы порекомендовал включить источник вашей внешней библиотеки как проект в Eclipse и не слишком беспокоиться о производительности - я работаю с 3.4.2 каждый день, и в моем рабочем пространстве около 45 открытых проектов с несколькими 10.000 классов и миллионами строк кода. Я назначаю гигабайт оперативной памяти на виртуальную машину Eclipse, и у меня нет проблем с этим на компьютере с процессором Core2Duo 2,6 ГГц.