Не напрямую во время развертывания.Фактическое расположение веб-сайта в IIS определяется через конфигурацию IIS.
Чтобы изменить это в интерактивном режиме:
В проводнике Windows щелкните правой кнопкой мыши значок «Мой компьютер» и выберите «Управление».,
Разверните узел «Службы и приложения», выберите «Информационные службы Интернета».
После этого вы сможете выбрать список сайтов на вашем ПК:
Нажмите кнопку «Основные настройки ...», чтобы изменить местоположение:
Вы также можете сделать это программно через WMI, как объяснено здесь: http://blogs.msdn.com/b/helloworld/archive/2009/05/29/how-to-programmatically-modify-the-iis-virtual-directory.aspx
или через MSBuild с пакетом расширений MSBuild .