Используете ли вы файл конфигурации в качестве места для хранения имени сервера?
Проверьте их. Кроме того, у меня была такая же проблема, когда в моем решении было два проекта, каждый с отдельным файлом конфигурации с одинаковым именем (два исполняемых файла), и они создавались в одной выходной папке. Поэтому, когда вы создаете 1-й, его конфигурация копируется в выходной файл, так же как и во второй. Или еще хуже: вы запускаете 1-й, он строит, копирует конфигурацию на выход, затем 2-й строит, и его конфиг копируется на выход, поэтому в результате вы запускаете 1-й проект с 2-й конфиг.
В этом случае вам просто нужно настроить порядок здания или использовать отдельные выходы.
На самом деле это может быть что угодно, это только пример, который я видел. Проверьте этот случай, и если он не правильный - предоставьте дополнительную информацию.
Upd: Также проверьте свою реальную конфигурацию из папки Output, а не той, которая находится в решении