Я думаю, что вы исходите из запуска tomcat из Eclipse, где, похоже, запускается только определенное веб-приложение, с которым вы работаете.Но в действительности Eclipse не запускает Tomcat для конкретного экземпляра, а вместо этого создает отдельный корневой каталог, содержащий только тот контекст, который вы пытаетесь запустить.Если вы посмотрите на «Запуск конфигурации» в Tomcat, вы увидите, что он отправляет что-то вроде этого в качестве аргументов виртуальной машины:
-Dcatalina.base = "....... metadata.plugins \ org.eclipse.wst.server.core \ tmp0 "-Dcatalina.home =" D: \ tools \ tomcat \ apache-tomcat-6.0.29 "-Dwtp.deploy =" ......... metadata.plugins \ org.eclipse.wst.server.core \ tmp0 \ wtpwebapps "-Djava.endorsed.dirs =" D: \ tools \ tomcat \ apache-tomcat-6.0.29 \ endorsed "
Вы можете сделать подобное из командылиния.