выполнить статистический тест на конкретные данные в ggplot2

Question

Я написал скрипт, который генерирует графики, используя ggplot2, и в каждом графике есть несколько значений по оси X, и у каждого из них есть несколько значений по оси Y для нескольких переменных на этой оси.

я задам вопрос по-другому: у меня есть несколько подмножеств данных в кадре данных, сгенерированных внутри цикла for, как я могу управлять циклом for, чтобы сгенерировать другой кадр данных, содержащийся в каждой строке (значениепервого столбца предыдущих фреймов данных)

for (x in phy) {
    print(x)

    test<-subset(t, Phylum==x)
    dat <- melt(test, measure=c("A","C","G","T","(A-T)/(A+T)","(G-C)/(G+T)",
                                "(A+T)/(G+C)"))
    unitest <- unique(c(test$Class))
    #print(nrow(test))
    i <- 1
    for(y in unitest) {
        towork <- subset(test, Class==y)

        # here i want to create a data frame that will contain (in each row, the
        # value of the first column of the towork subset for each y)

        # atest=wilcox.test(towork$A,towork$A, correct=FALSE)
        # print(paste(paste(y,towork$A),towork$A))
    }
}



input:

    e.g 
    class1:
    0.268912    0.158921    0.214082    0.358085
    1.680946         0.314681   0.210526    0.166895
    0.286945    0.322006    0.147361    0.243688
    class2
    0.293873    0.327516    0.156235    0.222376    
    0.327430    0.308667    0.135710    0.227695    
    0.301488    0.326511    0.125865    0.246022    
    0.310980    0.308730    0.148861    0.231429

я хочу, чтобы новый фрейм данных содержал в каждой строке первый столбец каждого класса.

output
    e.g
    1st row: 0.268912 1.680946 0.286945
    2nd row:0.293873 0.327430 0.301488 0.310980

и т. д..и затем другой фрейм данных, который содержит в каждой строке 2-й столбец каждого класса и т. д. *

, чем я хочу выполнить статистический тест для каждой 2-й строки нового фрейма данных (например, сумма рангов Уилкоксона)Проверьте) и получите результат.

любая помощь будет оценена

Hello , i came up with an idea , but i need your help to do it.
first the data is in a large text file and i will upload it if you want , my idea is : create a function that take 2 argument : 
1.the name of the column which should be used for grouping the data (e.g. phylum, or class)
2. the name of the column containing the data to test (e.g. A,C,G,T)
and i will test the data for each phylum first , and if i want i will test it for each class in each phylum.
that's mean,i will take the A column for first phylum and A column for 2nd phylum and make the wilcox.test on them ,  and i will make the process for each common column in each phylum. and then i will use a subset function to test the classes inside each phylum.  
give me your opininon with this ??

Спасибо заранее.

Answer 1

Я думаю, что это будет делать то, что вы после. Нам не обязательно проходить процесс создания новых data.frames для четырех представляющих интерес переменных - мы можем извлечь интересующие столбцы из их соответствующих местоположений в пределах class1 и class2. Код был обновлен, чтобы найти общие столбцы между class1 и class2. Он вычислит только тест Уилкокса для этих общих столбцов.

class1 <- matrix(rnorm(12), ncol = 4)
class2 <- matrix(rnorm(16), ncol = 4)

computeWilcox <- function(x, y, correct = FALSE, ...) {

    if (!is.numeric(x)) stop("x must be numeric.")
    if (!is.numeric(y)) stop("y must be numeric.")

    commonCols <- intersect(colnames(x), colnames(y))

    ret <- vector("list", length(commonCols))

    for (col in 1:length(commonCols)) {
        ret[[col]] <- wilcox.test(x[, col], y[, col], correct = correct, ...)
    }

    names(ret) <- commonCols
    return(ret)
}


zz <- computeWilcox(class1, class2)

Где zz имеет такую ​​структуру, как:

> str(zz)
List of 2
 $ c:List of 7
  ..$ statistic  : Named num 0
  .. ..- attr(*, "names")= chr "W"
  ..$ parameter  : NULL
  ..$ p.value    : num 0.0571
  ..$ null.value : Named num 0
  .. ..- attr(*, "names")= chr "location shift"
  ..$ alternative: chr "two.sided"
  ..$ method     : chr "Wilcoxon rank sum test"
  ..$ data.name  : chr "x[, col] and y[, col]"
  ..- attr(*, "class")= chr "htest"
 $ d:List of 7
  ..$ statistic  : Named num 2
  .. ..- attr(*, "names")= chr "W"
  ..$ parameter  : NULL
  ..$ p.value    : num 0.229
  ..$ null.value : Named num 0
  .. ..- attr(*, "names")= chr "location shift"
  ..$ alternative: chr "two.sided"
  ..$ method     : chr "Wilcoxon rank sum test"
  ..$ data.name  : chr "x[, col] and y[, col]"
  ..- attr(*, "class")= chr "htest"

Вы можете извлечь параметр или p-значение из возвращенного объекта списка следующим образом:

> zz$c$p.value
[1] 0.05714286