Вы должны быть в состоянии получить то, что вам нужно с
"""{0}\Sources\Source\Infrastructure\Infrastructure.Interface\Infrastructure.Interface.csproj"""
EDIT
Судя по вашему выводу, вы установили:
String.Format("/build Debug """{0}\Sources\Company.GOF.Win\Company.GOF.Win.Interface\Company.GOF.Win.Interface.csproj"""", BuildDirectory)
Разумно, что это не получается.
Это должно работать, хотя:
String.Format("/build Debug ""{0}\Sources\Company.GOF.Win\Company.GOF.Win.Interface\Company.GOF.Win.Interface.csproj"""", BuildDirectory)
(Единственная разница ""{0}\Sources\
вместо """{0}\Sources
)