Что вам нужно сделать, это написать код, который вы хотите вызвать, и сначала включить его в функцию jQuery:
(function($) {
$.fn.myJavascriptFunction = function(data) {
alert(data);
};
})(jQuery);
Затем вы можете загрузить его в массив команд, используя ajax_command_invoke:
$commands[] = ajax_command_invoke(NULL, "myJavascriptFunction", array($myCustomParameters));
return array(
'#type' => 'ajax',
'#commands' => $commands,
);
Это в основном подход, который они обсуждают на http://drupal.org/node/1028410.