Без where Application in ('AAA')
части это выглядит довольно просто:
from t1 in db.Table1s
where db.Table2s.Select(t2 => t2.TC).Contains(t1.TC)
from t1 in db.Table1s
ОБНОВЛЕНИЕ (Как я ошибался!)
List<string> myCollection = new List<string> { "AAA" };
from t1 in db.Table1s
where db.Table2s.Where(t2 => myCollection.Contains(t2.Application)).Select(t2 => t2.TC).Contains(t1.TC)
from t1 in db.Table1s
должен работать с коллекциями в коде.