У меня на сервере много приложений asp.net 3.5 и IIS 7.Сейчас я пытаюсь установить .NET Framework 4.0, но мне нужно знать, повлияет ли это на мои старые приложения или нет?
Нет, это не повлияет на них. .net 4.0 и 2.0 / 3.5 работают без проблем друг с другом.
В ASP.Net вы сможете установить версию времени выполнения для каждого пула приложений