В идеале плагин, генерирующий эти источники, должен конфигурировать исходные папки для плагина компилятора.Если они не генерируются подключаемым модулем maven, вы можете использовать подключаемый модуль build-helper для добавления дополнительных папок.Смотрите второй пример здесь .