И если идти еще дальше, возможно, он даже не скомпилирован, поэтому включение его из php.ini совсем не помогает. И как определить, что зависит от ОС, где вы запускаете php-cli.
Дополнительно:
Оригинальный плакат указывал, что он работает на Ubuntu. Итак, как заставить это работать:
sudo apt-get install php5-mcrypt
И обратите внимание, что в linux есть файлы ".dll", dll относится к "динамически загружаемой библиотеке", используемой в Windows, эквивалент linux - ".so", и я уверен, что вы только что установили пакеты mcrypt.