Одним из решений будет создание другой таблицы:
create table replacement (cID ...., sID ....);
# Only insert unique rows, which may be long
insert into replacement select distinct cID, sID from origtable;
# remove constraints from linked tables to origtable
# add same constraints to replacement
# add unique compound index on (cID,sID) to replacement
drop table origtable;
alter table replacement rename to origtable;
Это, конечно, предполагает, что ваш исходный файл содержит только эти два столбца.