JAR-файлы отличаются от исходных файлов и файлов классов, вам не нужно организовывать их иерархически, как это было бы с файлами .java и .class, потому что содержимое файла jar уже организовано таким образом.
Я предполагаю, что вы используете ant-проект в netbeans.В этом случае узел библиотеки в вашем проекте на самом деле не соответствует папке на диске (в отличие от узла источников).Самое удобное - создать каталог lib в корневом каталоге вашего проекта, а затем поместить туда свои файлы JAR.После этого добавьте их в свой проект.Таким образом, NetBeans будет ссылаться на них через относительный путь к файлам JAR, что означает, что теперь вы можете скопировать весь проект куда-то еще (возможно, через систему контроля версий), и ссылки на JAR по-прежнему будут правильными.
Недостатком этого является некоторое дублирование банок, но это не так уж важно.Вы также должны управлять зависимостями вручную, что может быть рутиной.Преимущество этого (по крайней мере, в NetBeans) заключается в том, что Ant-проекты действительно хорошо работают в NetBeans, проекты типа Maven более новые и не так хорошо поддерживаются.Я также считаю, что проекты Ant создаются быстрее.