Постарайтесь свести к минимуму количество сопоставлений папок, которые вы настраиваете - для хорошего проекта потребуется только один, чтобы указать, где корневая папка дерева исходного кода будет храниться на вашем локальном жестком диске.В вашем случае это должно быть что-то вроде:
$/root -> C:\MyCode
Чем больше сопоставлений вы добавите, тем меньше соответствия вы увидите между структурой файла управления исходным кодом и структурой вашего локального диска, и вещи могут очень быстро запутаться.
(Другое место, которое может вызывать проблемы, - это то, что если вы добавляете файлы в обозревателе решений Visual Studio, он часто копирует файлы в место, куда вы добавляете их в свое решение, вместо того, чтобы ссылаться на них изих исходное местоположение на жестком диске. Но это не похоже на ваш вопрос)
После того, как вы настроили решение, обязательно сохраните его (Файл -> Сохранить все полезно для обеспечения этогоготово), и вам может потребоваться вручную добавить файл .sln в систему контроля версий и зарегистрировать его, чтобы получить все это в TFS.