Эти папки имеют специальное назначение. Из этой статьи - Структура папок веб-проекта ASP.NET.
App_Code
App_Code содержит исходный код для общих классов и бизнес-объектов (например, ..cs и .vb), которые вы хотите скомпилировать как часть вашего приложения. В динамически скомпилированном проекте веб-сайта ASP.NET компилирует код в папке App_Code при первоначальном запросе к вашему приложению. Элементы в этой папке затем перекомпилируются при обнаружении любых изменений.
Примечание. Вы можете добавить любой тип файла класса в папку App_Code, чтобы создать строго типизированные объекты, представляющие эти классы. Например, если вы поместите файлы веб-службы (файлы .wsdl и .xsd) в папку App_Code, ASP.NET создаст строго типизированные прокси для этих классов.
Код в папке App_Code автоматически указывается в вашем приложении. Папка App_Code может содержать подкаталоги файлов, которые могут включать файлы классов на разных языках программирования.
App_Data
Содержит файлы данных приложения, включая файлы базы данных .mdf, файлы XML и другие файлы хранилища данных. Папка App_Data используется ASP.NET для хранения локальной базы данных приложения, такой как база данных для поддержки информации о членстве и роли.