Проблема с размещением файлов, не относящихся к Java (или другим языкам), которые тесно связаны с кодом, в другом месте, нежели код знает, где их найти. Можно стандартизировать места, тогда теоретически каждый будет знать, куда идти и что делать. Но на практике я нахожу, что этого не происходит.
Представьте, что ваше приложение все еще поддерживается в течение 5 или 10 лет командой младших - промежуточных разработчиков, которые сейчас не работают в компании и никогда не будут общаться с теми, кто работает над вашим проектом сейчас. Размещение файлов, тесно связанных с источником, в структуре исходного пакета может облегчить их жизнь.
Я большой сторонник устранения как можно большего количества неясностей в пределах разумного.