Определенно вариант 1, потому что, как указано в документации MySQL ,
В большинстве случаев ALTER TABLE создает временную копию исходной таблицы. MySQL ожидает другие операции, которые изменяют таблицу, затем продолжается. Он включает изменение в копию, удаляет исходную таблицу и переименовывает новую.
Итак, лучше иметь одну копию / ждать операции / удалить старую таблицу / переименовать новую операцию, чем несколько.