Операции команды управления не переносятся в транзакции, если вы не указали их.
Вы можете указать, чтобы handle () метод был упакован в транзакцию, установив output_transaction атрибут True.Из документов :
BaseCommand.output_transaction
Логическое значение, указывающее, выводит ли команда операторы SQL;если True, вывод будет автоматически обернут с BEGIN;и COMMIT ;.По умолчанию установлено значение False.
Для большего контроля вы всегда можете инициировать транзакции самостоятельно:
...
def handle(self, *args, **options):
with transaction.atomic():
do_your_stuff()