Это действительно зависит от использования. Если это то, что вы будете использовать снова и снова, более эффективно создавать и показывать / скрывать элемент и сохранять ссылку на него как один объект jQuery, который вы создаете только один раз.
Если всплывающее окно используется не так часто, или его использование особенно различно, или если управление состоянием может быть слишком сложным, то создание и удаление, вероятно, имеет больше смысла.