Пока ваш диск большой и достаточно быстрый, а память позволяет кэшировать соответствующую (горячую) часть ваших данных, у вас не должно быть проблем.
Существует оптимизаций для настройки хранилища данных Neo4j под конкретные нужды.
В противном случае это зависит от типа вашего набора данных. Производительность запросов не должна быть проблемой, производительность вставки может снизиться, если вам придется много искать в индексе для присоединения к импортированным узлам (но команда Neo4j работает над этим).
Возможно, вам следует присоединиться к списку рассылки Neo4j , чтобы более последовательно отвечать на все ваши вопросы.