Я не верю, что это возможно; Пакет обновления требует полной конфигурации для обоих сайтов.
В любом случае, почему вы хотите обновить только одно из приложений? Учитывая, что у вас есть как минимум два экземпляра для обеспечения отработки отказа во время развертывания, вы не должны видеть простоев, просто повышается загрузка приложения.