Обычной практикой является преобразование ваших сгенерированных объектов JAXB в правильно определенные классы модели предметной области. Таким образом, вы имеете полный контроль над тем, как классы модели ведут себя в вашем коде, и если XSD изменяется, вы не получите много мест в вашем коде, которые ломаются. Вам нужно только обновить класс «конвертера», так как это должно быть единственным местом, где вы полагаетесь на сгенерированные JAXB классы