За пределами корневого элемента допускается только декларация XML, комментарии и инструкции по обработке. Таким образом, возможно, что документ запускается правильно, но перед корневым элементом есть еще какая-то хрень (без пробелов). Спецификации могут действительно вызывать эту проблему, если парсер не знает, как с этим справиться, но, возможно, это не тот случай.
Вы могли бы также попробовать попробовать синтаксический анализатор Stax, такой как Woodstox, поскольку, хотя он, вероятно, столкнется с той же самой проблемой (какой бы она ни была), он должен иметь возможность дать вам немного больше информации о реальной проблеме - полученное вами сообщение слишком редкое, парсер ленится; оно должно как минимум указывать местоположение (относительно начала файла).