Если задача копирует только 4 символа, попробуйте зациклить. Если он будет более сложным, и вы запрашиваете функцию, попробуйте strncpy.
http://www.cplusplus.com/reference/clibrary/cstring/strncpy/
strncpy(sub1, baseString, 4);
strncpy(sub1, baseString+4, 4);
strncpy(sub1, baseString+8, 4);
или
for(int i=0; i<4; i++)
sub1[i] = baseString[i];
sub1[4] = 0;
for(int i=0; i<4; i++)
sub2[i] = baseString[i+4];
sub2[4] = 0;
for(int i=0; i<4; i++)
sub3[i] = baseString[i+8];
sub3[4] = 0;
Предпочитайте strncpy, если это возможно.