Рафаэль использует SVG. Бумага использовать Холст.
В этом главное отличие.
С точки зрения того, что вы можете с ними делать, у Canvas и SVG есть свое место, и они хороши для разных вещей (хотя они оба способны делать то же самое друг с другом, если вы об этом попросите). С чисто функциональной точки зрения вам нужно подумать о том, что вы хотите сделать с библиотекой, прежде чем решить, с какой из них вы идете.
Совместимость браузера будет большой проблемой, какой бы вы не использовали. На самом деле это, возможно, будет более серьезной проблемой, чем функциональность.
Raphael имеет преимущество на рабочем столе, поскольку он обнаруживает более старые версии IE (начиная с IE6) и использует VML вместо SVG. Это означает, что он имеет отличную совместимость на всех браузерах для настольных компьютеров. Canvas просто не поддерживается в старых версиях IE, и люди Paper.js, похоже, не слишком обеспокоены этим .
Но на мобильных устройствах Paper.js может быть лучше, потому что Canvas имеет гораздо лучшую поддержку на мобильных устройствах, чем SVG. SVG вообще не поддерживается на большинстве устройств Android. Это меняется: в Android 3.0 появилась поддержка SVG, но большинство устройств Android, которые продаются даже сейчас, поставляются с v2.x, поэтому пройдет некоторое время, прежде чем вы сможете положиться на SVG, работающую на мобильном телефоне.
Подробнее о поддержке браузера см. На сайте CanIUse:
Надеюсь, это поможет.