При установке Visual Studio 2008 будет установлена версия 3.5 .NET Framework. Он не будет использовать версию 4.0, установленную с VS 2010.
Тем не менее, и VS 2008, и VS 2010 имеют поддержку множественного таргетинга, что означает, что вы можете выбрать, какая версия платформы будет предназначена для каждого проекта. Таким образом, вы можете создать проект в VS 2010, который нацелен на версию 3.5 платформы, а не 4.0, если вы того пожелаете. Очевидно, вам не нужно использовать поддержку множественного таргетинга, если вы не хотите этого делать. Вы можете сохранить VS 2008 для разработки проектов .NET 3.5 и VS 2010 для разработки проектов .NET 4.0.
На самом деле целевые версии фреймворка по умолчанию будут именно такими, как вы ожидаете. VS 2010 будет ориентирован на .NET 4.0, а VS 2008 - на .NET 3.5. Вы можете выбрать таргетинг на более ранние версии, но не на более поздние версии. VS 2008 нельзя использовать для разработки проектов, ориентированных на .NET 4.0.