Ничто не говорит о том, что вам нужно использовать EventQueue, если вы выполняете длительную операцию в фоновом режиме. Цель очереди здесь состоит в том, чтобы использовать, если вам нужно обновить пользовательский интерфейс, что длительный процесс завершен.
Когда процесс завершится, вы поместите какое-нибудь работоспособное уведомление в очередь событий, чтобы уведомить пользовательский интерфейс о завершении.