Этого можно достичь с помощью базы данных ATTACH:
http://www.sqlite.org/lang_attach.html
РЕДАКТИРОВАТЬ 05.12.2011:
Здесь я создаю базу данных на диске:
[someone@localhost ~]$ sqlite3 some_big_db
SQLite version 3.7.5
Enter ".help" for instructions
Enter SQL statements terminated with a ";"
sqlite> create table t1 (a int, b text);
Здесь я открываю базу данных в памяти, создаю таблицу, заполняю ее, присоединяю базу данных на диске и копирую содержимое таблицы базы данных в памяти в таблицу базы данных на диске:
[someone@localhost ~]$ sqlite3
SQLite version 3.7.5
Enter ".help" for instructions
Enter SQL statements terminated with a ";"
sqlite> create table t2 (a int, b text);
sqlite> insert into t2 values (1, 'aa');
sqlite> insert into t2 values (2, 'bb');
sqlite> attach database some_big_db as big_db;
sqlite> insert into t1 select * from t2;
Здесь я открываю базу данных на диске и выбираю содержимое ее таблицы:
[someone@localhost ~]$ sqlite3 some_big_db
SQLite version 3.7.5
Enter ".help" for instructions
Enter SQL statements terminated with a ";"
sqlite> select * from t1;
1|aa
2|bb