Перед выбором любой аннотации отмените выбор всех аннотаций в mapView.
for (id<MKAnnotation> annotation in mapView.annotations)
[mymap deselectAnnotation:annotation animated:NO];
У меня была такая же проблема, когда наряду со стандартными выносками я реализовал настраиваемые выноски.Хотя это не идеальное решение, оно послужило цели.