Это зависит от промежутка времени между тем, когда вы получаете доступ к сообщению и когда вы хотите удалить его. Если оно короткое, а папка все еще открыта, вы можете просто установить флаг DELETED и закрыть папку, чтобы удалить сообщение.
Но я предполагаю, что вам нужно найти сообщение через некоторое время. В этом случае вы должны узнать об UID IMAP. Подробности см. В интерфейсе UIDFolder в JavaMail и в спецификации IMAP . По сути, вам необходимо отслеживать значение UIDVALIDITY папки и значение UID сообщения. Когда вы вернетесь к папке, вы можете убедиться, что это та же папка, проверив значение UIDVALIDITY, а затем найдите сообщение на основе его UID.