Я уже видел это раньше, но не могу вспомнить точную последовательность событий, которые его вызывают. Я считаю, что это связано с наличием приложений с .Net 1.1 и 2.0 в одном пуле приложений. Вы не можете запускать приложения с .Net 1.1 и 2.0 в одном пуле приложений. Я просто размышляю, но ваш основной веб-сайт IIS, вероятно, настроен на .Net 2.0, который затем переходит в ваш виртуальный каталог при перезапуске IIS (или перезапуске пула приложений).
Убедитесь, что ваш виртуальный каталог настроен как приложение в IIS, а затем переместите его в свой собственный пул приложений или пул приложений, содержащий только приложения .Net 1.1.