Массивы PHP могут быть очень быстрыми, но это зависит от того, насколько велики эти таблицы, когда цифры станут огромными, MySQL будет быстрее, потому что при правильных индексах ему не придется сканировать все данные, но просто выберите те, которые вам нужны.
Я не рекомендую вам попробовать то, что вы предлагаете, MySQL имеет кеш запросов, поэтому повторяющиеся запросы даже не попадут на диск, так что оптимизация, о которой вы думаете, уже выполнена.
Наконец, как сказал Крис, никогда не думайте об оптимизации, когда она не нужна.
Что касается хороших практик, то хорошей практикой является написание простейшего (и легко читаемого) кода, который выполняет свою работу.
Если в итоге вы решите применить оптимизацию, профилировать производительность, вас могут удивить неожиданные результаты.