Google, вероятно, не найдет никаких ссылок, которые вы спрятали в JS, но кто-то еще может ссылаться на то же место.
Хотя это не важны ссылки, это URL-адреса.Просто укажите URL, которые вы не хотите, чтобы поисковые системы посещали в robots.txt.Тот факт, что вы обычно выставляете их браузеру через JS, не имеет значения.
Если вы действительно хотите ограничить доступ к контенту, то, вероятно, недостаточно просто уменьшить вероятность обнаружения, и вам следует установить слой аутентификации (например, защиту паролем).