Включенные пути не имеют ничего общего с вашей платформой: это настройки сервера, вы можете редактировать их через php.ini, .htacces или ini_set("include_path", "/path/relative/to/webroot")
.
Кроме того, довольно странно напрямую использовать include () в такой среде: разве для этого не нужны помощники и библиотеки?