Это немного снизит вашу производительность, особенно если это происходит во внутреннем цикле, так как вы тратите время на прохождение инструкций, но это не так сильно, как если бы деформация была расходящейся.
Если это большое дело, возможно, стоит переместить условие за пределы цикла. Если деформация действительно расходится, подумайте о том, как удалить разветвление: например, вместо
if (i>0) {
x = 3;
} else {
x = y;
}
попробовать
x = ((i>0)*3) | ((i<3)*y);