Root - это узел <ServiceConfiguration />
, попробуйте сделать это вместо этого:
changeConfigXDoc.Root.Element("Role")
.Element("Instances")
.Attribute("count").Value = ChangeInstanceText.Text;
Добавьте эти методы расширения , а затем попробуйте это,
changeConfigXDoc.Root.Set("Role/Instances/count", ChangeInstanceText.Text, true);