Я не знаю, является ли это лучшим способом для вас в этой ситуации, однако я просто хотел бы убедиться, что вы знаете, как решить эту проблему.
Вы можете (щелкнуть правой кнопкой мыши) в представлении конструктора вашего edmx (не для файла в обозревателе решений) и нажать «Свойства», в PropertyGrid найдите «Обработка артефактов метаданных» и измените значение с «Вставить в». Выходная сборка "в" Копировать в выходной каталог ".
Однако, как только вы измените это, вместо того, чтобы выпекать edmx в сборку, вы увидите три файла на основе XML (MyModel.ssdl, MyModel.csdl, MyModel.msl) в выходном каталоге.
Теперь вы можете свободно вносить любые изменения в эти файлы в процессе сборки.
Также обязательно измените строку подключения на что-то вроде этого:
<add name="MyEntities" connectionString="metadata=.\MyModel.csdl|.\MyModel.ssdl|.\MyModel.msl; (..) />
Как я уже сказал, я не уверен, будет ли это лучшим подходом для вашей конкретной проблемы. Однако я использую его для генерации разных сборок для разных схем баз данных. Это работает.